1938年3、4月间，国民党临时全国代表大会决定成立国民参政会作为战时最后民意机关。7月8日，国民参政会一届一次会议在汉口大戏院举行，章伯钧作为解委会唯一代表参加会议。在一届国民参政会的历次会议上，章伯钧与中共、各党派及无党派的参政员一道，同国民党顽固派进行了坚决斗争。

1938年10月，武汉失守后，抗日战争进入相持阶段。章伯钧、彭泽湘等解委会负责人和一批干部撤到重庆，在半山新村3号设立了中央联络点。此时，国民党政策的重点从对外转向对内，消极抗日、积极反共。1938年12月29日，汪精卫公开发表艳电，向日寇投降。1939年1月2日，解委会发表《声讨汪兆铭通敌卖国》通电，声讨汪逆卖国求荣行为。

    1946年秋，为了统一党的思想，纯洁党的组织，提高党的战斗力，解委会进行了一次整党。10月10日，解委会中央向全党发出《整党通知》，要求全体党员重新登记和宣誓；提出党员工作标准和《八条戒律》，作为全党同志新的行动准则，提出有关吸收新党员的要求；为配合整党，解委会中央发表了《怎样做一个第三党党员——告全党同志书》。新的入党誓词要求党员“为完成民族解放、实现民主政治、争取社会主义前途三大奋斗目标奋斗到底”。结果，一部分不同意誓词的离开了组织。同时，解委会也吸收了一批进步人士。通过整党，解委会 “吐故纳新”，增强了战斗力，增进了团结。

    在与国民党斗争的同时，解委会继续加强同共产党的合作。1941年1月中旬，章伯钧、丘哲代表解委会与中央领导人周恩来、董必武、叶剑英在重庆曾家岩50号举行正式会谈，向共产党表示了合作的诚意，并希望共产党在政治、经济、组织等方面给予切实的援助，周恩来等表示“极端赞同，并愿予以种种协助”。从此，农工党更加密切了同共产党的关系。

面对国民党顽固派的反共高潮，尤其是“皖南事变”后，解委会发表《对时局宣言》，指出皖南事变时“足以使人痛心疾首的事实，及绝对不可宽恕的罪行”，并提出为争取“抗战必胜、建国必成”的14项主张；章伯钧、彭泽民及广大解委会成员严厉谴责国民党顽固派的破坏抗日行为。这些活动有力的配合了中国共产党打退了国民党的反共高潮。

    同时，面对国民党顽固派的压迫，以1939年10月成立的统一建国同志会为基础，中国民主政团同盟于1941年3月19日在重庆上清寺“特园”秘密成立。解委会领导人章伯钧、丘哲当选由13人组成的中央执行委员会委员。章伯钧当选中央常务委员，并担任组织部长。组成中国民主政团同盟的党派俗称“三党三派”，即：中华民族解放行动委员会、中国青年党、国家社会党和以黄炎培为首的中华职业教育社、以梁漱溟为首的乡村建设派以及1942年加入的沈钧儒领导的全国各界救国联合会。从此，解委会将工作重点置于中国政团同盟，与盟内的爱国民主力量一道，坚持争取民主宪政和抗日救亡斗争。1944年9月，中国民主政团同盟改名为中国民主同盟。

    1945年2月，解委会在重庆创办《中华论坛》半月刊，对于揭露国民党的假民主真独裁，对于发扬民主申张正义，发挥了很好的作用。

    1945年7月1日，章伯钧与褚辅成、黄炎培、冷遹、傅斯年、左舜生六位参政员飞抵延安，听取中共意见，调停国共关系。由于国民党顽固派缺乏诚意，调停并没有取得实质成果。但是，章伯钧等延安之行更加坚定了解委会同中国共产党合作的信心。

1945年8月15日，日本正式宣布无条件投降，抗日战争取得了最后胜利，这是包括解委会在内的全体中国人民浴血奋斗的结果。